L'arrêt maladie d'un salarié est une situation courante dans la vie d'une entreprise, mais elle soulève de nombreuses questions pour les employeurs, en particulier dans les TPE et PME. Entre les démarches administratives, le calcul du maintien de salaire et les subtilités du droit du travail, il est facile de se sentir dépassé. En 2026, la législation continue d'évoluer, et il est crucial pour tout dirigeant d'être parfaitement au clair sur ses obligations pour gérer ces situations sereinement et en toute légalité. Ce guide complet et détaillé vous explique tout ce que vous devez savoir sur vos obligations en tant qu'employeur face à un arrêt maladie.
Les premières 48 heures : des obligations cruciales pour l'employeur et le salarié
Dès qu'un salarié est en arrêt maladie, une course contre la montre s'engage pour respecter les délais légaux. Le salarié a l'obligation de vous informer de son absence et de vous transmettre son arrêt de travail dans les 48 heures. Cet envoi peut se faire par lettre recommandée ou par remise en main propre contre décharge. Ce document, composé de trois volets, est essentiel : le volet 1 est pour le médecin-conseil de la CPAM, le volet 2 pour les services administratifs de la CPAM, et le volet 3 est destiné à l'employeur.
Une fois que vous avez reçu le volet 3 de l'arrêt de travail, votre principale obligation est d'établir une attestation de salaire pour la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM). Cette démarche est indispensable pour que votre salarié puisse percevoir les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS). Vous devez effectuer cette déclaration via la DSN (Déclaration Sociale Nominative) ou, à défaut, via le service en ligne Net-Entreprises. Cette attestation doit être envoyée à la CPAM dès réception de l'arrêt de travail. Tout retard de votre part pourrait entraîner un retard dans le versement des indemnités à votre salarié, et potentiellement un préjudice dont il pourrait vous demander réparation.
Le maintien de salaire : une obligation légale pour l'employeur
Au-delà des indemnités journalières versées par la Sécurité Sociale, la loi impose à l'employeur de maintenir une partie du salaire de l'employé absent. C'est ce qu'on appelle le maintien de salaire. Pour en bénéficier, le salarié doit remplir plusieurs conditions, définies par l'article L1226-1 du Code du travail :
- Justifier d'une ancienneté d'au moins un an dans l'entreprise au premier jour de l'absence.
- Avoir transmis son certificat médical dans les 48 heures.
- Bénéficier des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale.
- Être soigné en France ou dans l'un des États membres de l'Espace économique européen.
Il est important de noter qu'un délai de carence de 7 jours s'applique pour le maintien de salaire légal. Cela signifie que l'indemnisation complémentaire par l'employeur ne commence qu'au 8ème jour d'absence. Cependant, ce délai de carence ne s'applique pas en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle.
Calcul et durée du maintien de salaire : ce que vous devez verser
Le montant et la durée du maintien de salaire varient en fonction de l'ancienneté du salarié. La loi prévoit deux périodes d'indemnisation successives :
- Une première période durant laquelle le salarié perçoit 90% de sa rémunération brute.
- Une seconde période durant laquelle il perçoit 66,66% (soit les deux tiers) de sa rémunération brute.
La durée de ces périodes augmente avec l'ancienneté du salarié, comme le détaille le tableau suivant, conformément aux articles D1226-1 à D1226-3 du Code du travail :
| Ancienneté du salarié | Durée d'indemnisation à 90% | Durée d'indemnisation à 66,66% | Durée totale d'indemnisation |
|---|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours | 60 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours | 80 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours | 100 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours | 120 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours | 140 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours | 160 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours | 180 jours |
Prenons le cas d'un salarié avec 3 ans d'ancienneté et un salaire brut de 2 500 €. Il est en arrêt maladie pendant 45 jours.
- Du 1er au 7ème jour : délai de carence, il ne perçoit que les IJSS (après 3 jours de carence CPAM).
- Du 8ème au 37ème jour (30 jours) : il percevra 90% de son salaire brut, soit 2 250 €, desquels il faut déduire les IJSS.
- Du 38ème au 45ème jour (8 jours) : il percevra 66,66% de son salaire brut, soit 1 666,50 €, desquels il faut déduire les IJSS.
La contre-visite médicale : un droit pour l'employeur
En tant qu'employeur, si vous versez un complément de salaire, vous avez le droit de faire procéder à une contre-visite médicale au domicile du salarié, par le médecin de votre choix. Cette visite a pour but de vérifier que l'état de santé du salarié justifie bien son arrêt de travail. Elle doit avoir lieu pendant les heures de présence obligatoire du salarié à son domicile.
Si le médecin contrôleur estime que l'arrêt n'est pas justifié, ou si le salarié s'oppose à la visite, vous êtes en droit de suspendre le versement du complément de salaire. Vous devez en informer le salarié par lettre recommandée avec accusé de réception. Attention, cette suspension ne concerne que le complément employeur, et non les IJSS.
FAQ - Questions fréquentes des employeurs
1. Ma convention collective peut-elle prévoir des règles différentes ?
Oui, absolument. Il est impératif de consulter votre convention collective. Elle peut prévoir des dispositions plus favorables pour le salarié que la loi, comme un maintien de salaire à 100%, une condition d'ancienneté plus courte, ou la suppression du délai de carence. Dans ce cas, ce sont les dispositions conventionnelles que vous devez appliquer.
2. Qu'est-ce que la subrogation ?
La subrogation est un mécanisme qui vous permet de percevoir directement les IJSS de la CPAM à la place de votre salarié. En contrepartie, vous devez maintenir son salaire (dans les limites prévues par la loi ou la convention collective). C'est une option très pratique qui simplifie la gestion de la paie et assure au salarié la continuité de ses revenus. Pour la mettre en place, vous devez l'indiquer dans l'attestation de salaire.
3. Que se passe-t-il si mon salarié a plusieurs arrêts maladie dans l'année ?
La durée totale d'indemnisation par l'employeur est limitée sur une période de 12 mois consécutifs. Si un salarié a plusieurs arrêts, vous devez déduire les jours déjà indemnisés au cours des 12 derniers mois pour calculer ses droits restants.
4. Puis-je licencier un salarié en arrêt maladie ?
L'arrêt maladie ne protège pas le salarié contre le licenciement. Cependant, le motif du licenciement ne peut en aucun cas être la maladie elle-même, ce qui serait discriminatoire. Un licenciement reste possible si l'absence prolongée ou les absences répétées du salarié perturbent gravement le fonctionnement de l'entreprise et rendent son remplacement définitif nécessaire.
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Les différents types d'arrêts et leurs spécificités
Il est important de distinguer les différents motifs d'arrêt de travail, car ils n'entraînent pas les mêmes conséquences, notamment en ce qui concerne le délai de carence pour le maintien de salaire et l'indemnisation.
L'arrêt pour maladie non professionnelle
C'est le cas le plus courant. Il concerne une maladie qui n'a pas été causée par le travail du salarié. Dans ce cas, le délai de carence légal de 7 jours pour le maintien de salaire par l'employeur s'applique, ainsi qu'un délai de carence de 3 jours pour le versement des IJSS par la CPAM.
L'accident de travail et l'accident de trajet
L'accident de travail est celui qui survient par le fait ou à l'occasion du travail. L'accident de trajet est celui qui survient sur le parcours habituel entre le lieu de travail et le domicile du salarié. Dans ces deux cas, la législation est plus protectrice : aucun délai de carence ne s'applique, ni pour le maintien de salaire par l'employeur, ni pour les IJSS. L'indemnisation commence donc dès le premier jour d'absence.
La maladie professionnelle
Une maladie est reconnue comme professionnelle si elle est la conséquence directe de l'exposition du salarié à un risque physique, chimique ou biologique, ou résulte des conditions dans lesquelles il exerce son activité professionnelle. Comme pour l'accident de travail, il n'y a aucun délai de carence pour l'indemnisation.
L'impact de l'arrêt maladie sur le contrat de travail
L'arrêt maladie suspend le contrat de travail mais ne le rompt pas. Cette suspension a plusieurs conséquences sur les droits du salarié.
Acquisition des congés payés
Depuis une jurisprudence constante de la Cour de cassation, confirmée par la loi, les périodes d'arrêt pour maladie non professionnelle sont désormais assimilées à du temps de travail effectif pour le calcul des droits à congés payés. Ainsi, un salarié en arrêt maladie continue d'acquérir des jours de congés payés, dans la limite de 4 semaines par an. Pour les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle, l'acquisition des congés payés est intégrale.
Ancienneté
La période d'absence pour maladie non professionnelle n'est généralement pas prise en compte pour le calcul de l'ancienneté, sauf si la convention collective le prévoit. En revanche, les périodes d'absence pour accident du travail ou maladie professionnelle sont prises en compte intégralement.
Prime et 13ème mois
Le sort des primes dépend de leur nature. Si une prime est liée à la présence effective du salarié, son absence pour maladie peut entraîner une réduction de son montant. Pour le 13ème mois, il faut se référer au contrat de travail ou à la convention collective pour savoir si l'absence pour maladie a un impact sur son versement.
Le retour du salarié dans l'entreprise
Le retour du salarié après un arrêt maladie est une étape importante qui nécessite une attention particulière de la part de l'employeur.
La visite de reprise
Une visite médicale de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire après une absence d'au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel, et après toute absence pour maladie professionnelle. Cette visite doit avoir lieu au plus tard dans les 8 jours qui suivent la reprise du travail. Elle a pour but de vérifier si le salarié est apte à reprendre son poste, s'il a besoin d'aménagements ou s'il doit être reclassé.
Le mi-temps thérapeutique
Si le salarié ne peut pas reprendre son travail à temps plein, le médecin traitant peut prescrire une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique (souvent appelé "mi-temps thérapeutique"). Cette solution permet au salarié de se réadapter progressivement à son poste. L'employeur n'est pas tenu d'accepter, mais un refus doit être justifié par des raisons objectives liées au fonctionnement de l'entreprise.
La Déclaration Sociale Nominative (DSN) : l'outil incontournable
L'envoi de l'attestation de salaire, qui déclenche l'indemnisation du salarié par la CPAM, se fait aujourd'hui majoritairement via la Déclaration Sociale Nominative (DSN). La DSN est une transmission mensuelle de données issues de la paie qui remplace la plupart des déclarations sociales. Pour un arrêt de travail, un "signalement d'arrêt" doit être effectué dans la DSN dans les 5 jours suivant la connaissance de l'arrêt. Ce signalement contient toutes les informations nécessaires (dates de l'arrêt, dernier jour de travail, motif, etc.) et génère automatiquement l'attestation de salaire pour la CPAM. L'utilisation de la DSN est non seulement une obligation pour la plupart des entreprises, mais elle représente aussi un gain de temps et une sécurisation des démarches.
Pour les entreprises qui ne seraient pas encore en DSN, le portail Net-Entreprises reste la solution pour déclarer l'attestation de salaire. Il s'agit d'un service en ligne gratuit qui permet d'effectuer de nombreuses déclarations sociales. Il est crucial de maîtriser l'un de ces deux canaux pour ne pas commettre d'impair dans la gestion administrative des arrêts maladie.
Approfondissement du calcul du maintien de salaire
Le calcul du complément de salaire versé par l'employeur peut sembler complexe car il faut déduire le montant des Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS) que le salarié perçoit. L'employeur doit verser un complément de salaire de manière à ce que le salarié perçoive au total (IJSS + complément employeur) le pourcentage de sa rémunération brute prévu par la loi ou la convention collective.
Exemple plus complexe :Une salariée, avec 8 ans d'ancienneté, a un salaire brut mensuel de 3 000 €. Elle est en arrêt maladie du 1er mars au 30 avril (61 jours).
- Ancienneté : 8 ans, elle a donc droit à 40 jours de maintien à 90% et 40 jours à 66,66%.
- Maintien employeur :
Ce calcul illustre l'importance d'un outil de paie fiable pour éviter les erreurs.
La gestion des arrêts maladie de longue durée
Lorsqu'un arrêt maladie se prolonge au-delà de 6 mois, on parle d'Affection de Longue Durée (ALD). La gestion de ces arrêts présente des particularités. Le salarié peut bénéficier d'IJSS pendant une période maximale de 3 ans. Le rôle de l'employeur reste de maintenir le lien avec le salarié, de préparer son éventuel retour et de collaborer avec la médecine du travail pour évaluer les possibilités de reprise, d'aménagement de poste ou, en dernier recours, d'une procédure d'inaptitude si le retour au poste initial est impossible.
Questions supplémentaires pour la FAQ
#### 5. Que faire si un salarié tombe malade pendant ses congés payés ?
Si un salarié tombe malade pendant ses congés, ceux-ci ne sont pas interrompus. Le salarié ne peut pas exiger de prendre ses congés ultérieurement, sauf si la convention collective le prévoit. Il cumulera les indemnités de congés payés et les indemnités journalières de la Sécurité Sociale.
#### 6. Un salarié en arrêt maladie peut-il travailler pour un autre employeur ?
Non, le salarié en arrêt maladie est tenu à une obligation de loyauté envers son employeur. Sauf autorisation exceptionnelle du médecin traitant, il ne peut exercer aucune activité, rémunérée ou non, pendant son arrêt. Le non-respect de cette règle peut justifier un licenciement pour faute grave.